В 1980 году стал режиссером-постановщиком на киностудии «Ленфильм», где дебютировал фильмом «Комиссия по расследованию». Известность пришла к Владимиру Бортко после комедийной ленты «Блондинка за углом». Экранизация повести Михаила Булгакова «Собачье сердце» принесла Бортко признание мировой кинообщественности — этот фильм был удостоен Гран-при кинофестиваля в Перудже.
В 90-х под псевдонимом Ян Худокормов снял несколько начальных серий телесериала «Улицы разбитых фонарей».
Также известен как постановщик сериала «Бандитский Петербург». Известными еще до выхода на ТВ стали его экранизации классики русской литературы «Идиот», «Мастер и Маргарита», полнометражный фильм «Тарас Бульба».
Живет в Санкт-Петербурге.