Чешский актер и театральный режиссер. Родился 3 октября 1936 года в городе Голице. После средней школы поступил в гончарное училище в городе Бехине. Во время учебы начал интересоваться театром. В 1955 году поступил на режиссерское отделение театрального факультета Академии исполнительских искусств в Праге (DAMU).
Работал как актер и режиссер в нескольких пражских театрах: театр имени Буриана, театр на Виноградах, театр Laterna magika, Национальный театр; а также в Национальном театре в Осло. Является одним из основателей пражского театра Чиногерни клуб (Драматический клуб).
Режиссер ряда успешных театральных постановок, среди которых «Прощай, Сократ», «Пекарь Ян Маргоул», «Пер Гюнт», «Вишневый сад», «Ревизор», «На дне».
В 1959 году дебютировал в кино, сыграв эпизодическую роль в фильме «Пробуждение» Иржи Крейчика. В 1963 году режиссеры Ян Кадар и Элмар Клос доверили ему главную роль в фильме «Смерть зовется Энгельхен» по одноименному роману Ладислава Мнячко. В 1967 году вышел фильм Франтишека Влачила «Долина пчел», где Ян Качер сыграл фанатичного рыцаря Армина.
Как режиссер снял несколько фильмов, среди которых «Я небо» и «Город моей надежды».
С 1990 по 1997 год преподавал в DAMU. С 1990 по 1992 был депутатом парламента от «Гражданского форума». В настоящее время работает директором Фонда Хартии 77. Продолжает играть в театре и сниматься в кино.