С 1996 года Роман Насонов работает на кафедре истории зарубежной музыки Московской консерватории. С 2001 г. — доцент (аттестат 2004 г.). На кафедре истории зарубежной музыки Насонов читает курс истории зарубежной музыки на исполнительских факультетах и отдельные лекции в рамках спецкурса у студентов историко-теоретического факультета.
Научные интересы Насонова связаны, прежде всего, с такими областями музыковедения, как музыкальная теория, музыкальная историография и музыкальная поэтика Ренессанса и барокко; духовные жанры музыки барокко; проблемы аутентичного исполнительства. Автор более 50 опубликованных научных и научно-методических работ.