Руководитель климатической программы российского отделения Фонда дикой природы (WWF).
С 1984 по 1999 гг. Алексей работал в Институте глобального климата и экологии РАН и Росгидромета. В конце 80-х работал, в основном, на озере Байкал, проблема сохранения которого тогда стояла очень остро. Проведенные научные исследования внесли немалый вклад в спасение сибирского моря.
Занимается разработкой системы учета парниковых газов и экономических механизмов гибкости в соответствии с Киотским протоколом к Рамочной конвенции ООН по изменению климата на международном и российском уровне (проекты «совместного осуществления» и торговля квотами на выброс парниковых газов).
Один из авторов доклада «Коалиции для будущего» (Стратегии развитии России на 2008-2016 гг.), а также долгосрочной Энергетической стратегии России на 2020 и 2030 гг.
А. Кокорин - автор более 50 научных работ по экологии, климатологии и физике атмосферы.