Кристоф Мюллер родился в 1964 году в Вуппертале. С 1990 по 1993 год учился на продюсера в Академии кино и телевидения Мюнхена, затем начал работать руководителем съемок и продюсером на телевидении и в производстве рекламы.
С 1997 года Мюллер работал в фирме Хельмута Дитльса «Диана Фильм» и стал соавтором сатирического фильма «Позднее шоу». Сотрудничал с компанией «Константин Фильм» в производстве подростковой комедии режиссера Марка Ротемунда «Крутые ребята» и в 2001 стал году одним из основателей продюсерской компании «Гольдкинд Фильм». Был ответственным продюсером комедий «Огонь, лед и море пива» и «Телкохранители против сил тьмы».
Со своим новым партнером Свеном Бургемайстером Мюллер продолжил руководить фирмой «Гольдкинд Фильм» и стал продюсером фильма-экранизации «Сольный альбом», а также драмы о сопротивлении нацизму «Софи Шолль», за которую он вместе со своим сопродюсером получил в 2005 году серебряную медаль за лучший немецкий фильм.