Автор ряда исторических очерков и эссе. Печатался в 1991—1999 годы в газетах и журналах, которые после 1999 года были закрыты либо радикально изменили редакционную политику: «Московские новости», «Итоги», «Общая газета». В 1997 году создал сайт «Библиотека Якова Кротова», на котором пишет комментарии к Евангелию, эссе на богословские, церковно-исторические и другие темы. Для своего сайта активно использует скопированные материалы других авторов, объясняя это тем, что библиотека создана для личного использования. В 1970—1980-е гг. занимался катехизической и лекционной деятельностью в приходе отца Александра Меня. В 1991—1998 гг. вёл церковную рубрику в московской газете «Куранты», первую такого рода в столичной прессе. В 1997—2003 гг. вёл радиопередачи на «Радиоцеркви» (ныне «Радио Теос»). Выступает с лекциями. Преподает историю Церкви в Общедоступном православном университете, основанном протоиереем Александром Менем. С 1997 года ведёт программу «С христианской точки зрения» на радио «Свобода». В 2008 году выступил против преподавания «основ православной культуры» в российских государственных школах, назвав попытки внедрения такого предмета «педофилией религиозной».