Родился 11 июля 1963 года в Москве. Окончил медицинское училище по специальности «фельдшер-лаборант». Отслужив два года в Советской Армии, он окончил вечернее отделение Всесоюзного института инженеров пищевой промышленности; одновременно с учебой работал в Институте биологической и медицинской химии. Затем Алексей Калугин занимался научной работой, в должности научного сотрудника готовился к защите кандидатской диссертации, посвященной исследованиям ферментов генно-инженерного комплекса. В 1996 году в издательстве Армада был опубликован его дебютный роман Лабиринт, первый из трилогии Резервация, после чего Алексей Калугин сделал выбор в пользу литературы. Начиная с 1998 года, писатель сотрудничает с издательством ЭКСМО-Пресс. Среди книг Алексея Калугина - Темный отражения, Специалист по выживанию, Подмененный, Осколки реальности, Мятеж обреченных, Вестник смерти, Два шага до горизонта, Снежная слепота, Мир без солнца, «Полет мотылька» и др.