Технолог, предприниматель и венчурный инвестор. Старший преподаватель в MIT (Massachusetts Institute of Technology), в Sloan School of Management и в Biological Engineering Department. Автор множества научных публикаций, обладатель ряда патентов; в 1987 году получил степень доктора биотехнических наук в MIT.
В 1999 году основал компанию Flagship Ventures, которая занимается венчурными капиталовложениями и предпринимательскими проектами и владеет инвестиционным портфелем в размере 1 миллиард долларов. В настоящее время Нубар является директором нескольких компаний, основанных Flagship Ventures: Helicos Biosciences, Codon Devices, BG Medicine, Genstruct, Affinnova, Ensemble Discovery, LS9 и Joule Biosciences.
Нубар Афеян является также членом ряда консультационных советов, а именно: Whitehead Institute при MIT, Harvard-MIT Division of Health Sciences and Technology (HST), Boston University Medical School и Московской школы управления Сколково.